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"關渡自然保留區早期主要由茳茳鹼草、蘆葦及大面積的泥質灘地所組成，每年候鳥遷移季節時，吸引上萬水鳥於此停棲或度冬，為候鳥重要棲地，因此農委會於1986年依「文資法」公告為關渡自然保留區，以「水鳥」為保育標的，長期以來受文資法保護，依該法第86條第1項規定，自然保留區內「禁止改變或破壞其原有自然狀態」，在國內各保護區域類別中屬完全禁止人為經營管理手段介入的最嚴格類型，僅能任其自然演替。
林務局局長林華慶表示，關渡自然保留區在長期自然演替下，紅樹林持續擴張，原本的泥灘地逐漸演替為草澤，進而形成大面積的林澤，陸域範圍快速擴張，造成原本設置自然保留區的保育標的、腿較短的「鷸鴴科」等水鳥逐漸消失，種類減少30%以上，現在變成以樹棲型鳥類如鷺鷥科為主，物種多樣性銳減。
林務局說，北市府經水工模型推演，亦提出洪泛威脅的疑慮，認為紅樹林擴張造成基隆河朝向深槽化發展，可能掏蝕基隆河左岸的社子島堤防，且若林下漂浮木過度堆積，可能阻斷通水，造成此河段水位抬升，形成洪患隱憂，因此北市府考量該區已有濕地保育法及水利法共同保護，提案廢止自然保留區。"
